El objetivo esencial de la Federación de asociaciones de cabildos indígenas del departamento del chocó, es luchar por los derechos e intereses de los pueblos indígenas del chocó, bajo los principios de Unidad, territorio, cultura y autonomía los cuales se desarrollan mediante los siguientes fines.

1. Propender por la unidad de nuestros pueblos dentro de las diferencias culturales existentes en el chocó.
2. Formar lideres capaces de orientar los procesos de gobierno de nuestras comunidades, para fortalecer los sistemas de autoridades internas de los pueblos indígenas del departamento del chocó.
3. Luchar por el saneamiento de nuestros resguardos, el control de territorios y el manejo adecuado de los recursos naturales.
4. Avanzar en la construcción de políticas económicas, sociales, territoriales y culturales que le permitan a la Federación obtener un desarrollo integral en pro de las comunidades.
5. Luchar por la consolidación de un proyecto de Educación propia y establecer una política pedagógica dentro del marco del fortalecimiento de la identidad cultural de nuestros pueblos y la interculturalidad.
6. Actualizar e implementar el plan de vida de los pueblos indígenas, la cual tiene como esencia la defensa, bienestar protección y desarrollo de las comunidades indígenas del chocó.
7. Ejercer la jurisdicción especial indígena e implementar su desarrollo normativo en cada una de las comunidades que integran la federación.
8. Lograr la construcción de las entidades territoriales indígenas